Santa Cruz es la isla que la mayoría de los visitantes conoce mejor, y con razón: está en el centro del archipiélago, tiene la conexión con el aeropuerto, el pueblo más grande y la mayor oferta de excursiones de un día. Puerto Ayora se extiende por la orilla de Bahía Academia, una cuadrícula de restaurantes, centros de buceo, agencias y hoteles pequeños que se anima al atardecer, cuando abre el mercado de pescado y pelícanos y lobos marinos hacen fila por las sobras. Detrás del pueblo la tierra sube entre cactus y matorral hasta una parte alta verde y a menudo brumosa de fincas, túneles de lava y tortugas gigantes, y luego baja hacia una costa norte salvaje de playas y manglares. La isla es la base de la mayoría de los días de barco del archipiélago central: Bartolomé, Seymour Norte, Santa Fe, Plaza Sur y Pinzón salen de aquí o del Canal de Itabaca, al norte.
